Kriegsschauplätze bis 1800

Die Zeit der Hussitenkriege im 15. Jahrhundert war eine schwere Zeit für das Braunauer Land. Nach der Hinrichtung des Prager Unirektors Jan Hus als Ketzer auf dem Konstanzer Konzil versank Böhmen in blutigen Unruhen, die im Jahr 1420 begannen. Der Abt und ein Teil der Mönche des Mutterklosters Břevnov, das von den Hussiten völlig zerstört wurde und 200 Jahre nur als Ruine bestand, konnte sich nach Braunau retten. Das Kloster verstärkte mit den Bürgern die Befestigungen der Stadt. Die schlesischen Teilfürsten kamen jedoch Kaiser Sigismund zu Hilfe und fielen ebenso wie ein Heer des Breslauer Bischofs in das Land ein. Politz wurde zerstört, das Land durch jahrelange Besetzung verwüstet. Die Stadt Braunau blieb weitgehend unversehrt, bis ein Stadtbrand 1452 großen Schaden anrichtete, der vor allem das Rathaus, Hospital und die Pfarrkirche betraf.

Im 16. Jahrhundert florierte das Gewerbe, da man die in Braunau produzierten Tuche für die Ausrüstung der Soldaten brauchte. Das selbstbewusst gewordene Bürgertum, die Tuchmacher und Kaufleute, lehnten sich gegen die Bevormundung durch die grundherrliche Obrigkeit auf und drängten zur Gleichstellung mit den freien königlichen Städten entsprechend des Privilegs Karls IV. Sie schlossen sich zum Großteil der Reformation an, die sie durch ihre engen Beziehungen zum schlesischen Schweidnitz kennengelernt hatten. Weniger Nachhall fand die Reformation beim Landvolk.

In der Zeit der Gegenreformation wurde der Katholizismus von der habsburgischen Herrschaft auch gegen den Willen der Bevölkerung wieder durchgesetzt. Es kam zur erzwungenen Schließung der 1610 erbauten, von den Protestanten genutzten Holzkirche, der sich die böhmischen Stände und die Bürger der Stadt widersetzten. Sie sahen darin einen Verstoß gegen die im Majestätsbrief von 1609 durch Kaiser Rudolf II. zugesicherte Religionsfreiheit. Das Ereignis wurde zum Anlass für den berühmten Prager Fenstersturz 1618 und damit für den Beginn des Dreißigjährigen Krieges. Die Kirche wurde letztlich erst 1621 nach dem Sieg des Kaisers in der Schlacht am Weißen Berg geschlossen. Heute steht an ihrer Stelle die katholisch geweihte Wenzelskirche, ein barocker Nachfolgebau von Kilian Ignaz Dientzenhofer aus dem Jahr 1729. 

Im 17. und 18. Jahrhundert hatte die Bevölkerung Braunaus sehr unter den Folgen des Dreißigjährigen Krieges zu leiden. Sowohl die Schweden als auch Wallensteins Truppen zogen durch die Stadt und hinterließen eine Spur der Verwüstung. Im Jahr 1634 forderte die Pest zudem zahlreiche Opfer. 

Große Auswirkungen hatten auch die Schlesischen Kriege über hundert Jahre später. Durch die vorbeiziehenden preußischen Truppen kam es zu Plünderungen und großen Zerstörungen. Verantwortlich dafür war der preußische General Baron de la Motte Fouqué, der 1757 in Glatz lag und seine Soldaten beauftragte, in Braunau Feuer zu legen, um den Einmarsch seiner Truppen nach Böhmen zu vereinfachen. Die Stadt brannte eine Woche lichterloh und die preußischen Truppen besetzten das Braunauer Ländchen. Der österreichische General Laudon konnte Baron Fouqué nicht davon abhalten, Braunauer Geistliche und Bürger nach Glatz als Geiseln zu verschleppen. Auch nach dem Rückzug der preußischen Truppen nach Schlesien hatte das Braunauer Ländchen noch lange unter den Lasten des Krieges zu leiden, da die Truppen des österreichischen Generals Daun hier überwinterten und die Getreidevorräte requirierten. 1763 wurde endlich der Frieden von Hubertusburg zwischen Preußen, Österreich und Sachsen geschlossen, der den Siebenjährigen Krieg beendete und den überwiegenden Teil Schlesiens Preußen zusprach. Der Kronprinz und spätere Kaiser Joseph II. und General Laudon besichtigten das Kriegsgebiet und übernachteten 1766 im Kloster Braunau. Nach dem Ende des Siebenjährigen Krieges waren die alten Handelswege der Stadt nach Schlesien durchtrennt, was große finanzielle Einbußen bedeutete.